Es liegt südwestlich der Stadt Managua. Die Lagune von Nejapa nimmt eine 160 Meter tiefe ovale Senke ein, die durch drei kleine Einbrüche am Fuße des Motastepe-Hügels gebildet wurde. Es ist sehr flach und mit Sedimenten und Mineralsalzen beladen. Seine geringe Tiefe sagt eine bevorstehende Austrocknung voraus. Es hat eine Ausdehnung von 220 Hektar.
Die Nejapa-Lagune ist an der Nejapa-Ticomo-Verwerfung ausgerichtet. Dies wurde durch Zusammenbruch oder Senkung entlang der Verwerfung gebildet. Zwischen Nejapa und der Asososca-Lagune erhebt sich der Motastepe-Cineritkegel, derzeit ein erloschener Vulkan mit flacher Spitze.
Die inneren Hänge der Nejapa-Lagune bestehen aus überlagerten Schichten alter Pyroklasten, die leicht durch Erosion angegriffen werden, es sei denn, diese Hänge sind mit etwas Vegetationsdecke geschützt. An bestimmten Stellen, wie dem Motastepe-Hügel, der eine echte Sandgrube ist, setzt das jährliche Abbrennen der Vegetation den Boden einer schnellen Erosion aus, ohne dass mögliche Einbrüche ausgeschlossen werden können, da sein nördlicher Fuß durch Steinbrüche stark ausgehoben wird.
Der jährliche Niederschlag liegt im Durchschnitt zwischen 1,000 und 1,200 Kubikmillimetern und tritt während der Regenzeit auf. Die fortschreitende Entwaldung im südlichen Becken des Managua-Sees hat die Infiltration verringert und dazu geführt, dass der Grundwasserspiegel in der darunter liegenden Ebene gesunken ist, was zu einem Rückgang des Pegels der Lagune führte. Die durchschnittliche Jahrestemperatur um diese Lagune liegt bei etwa 27° Celsius. Unten ist es wegen des Windschutzes etwas höher.
