Villanueva es uno de los municipios con mayor extensión territorial en el departamento de Chinandega.
Tiene una topografía irregular con elevaciones hasta de 600 metros sobre el nivel del mar, con una amplia variedad de vegetación latifoleada. El casco urbano es prácticamente plano.
El río más importante del municipio es el Aquespalapa o río Villanueva que cruza de este a oeste en un recorrido de 60 kilómetros. En la zona norte del municipio se encuentra el río Negro que forma una frontera natural con Somotillo, por el lado sur del municipio corren las aguas del río Tecomapa que sirve de balneario en época de verano para los habitantes de la zona.
En relación al clima, el municipio es tropical seco, pertenece a la región de occidente el clima tropical de sabana que se caracteriza por una marcada estación seca.
En el municipio se localizan áreas que han sido destinadas a la conservación y las mismas están compartidas con otros municipios tal es el caso de Apacunca que forma parte de los llanos de Cayanlipe con elevaciones menores del 20 m.s.n.m.
Reserva Genética Apacunca.
En Villanueva se destaca el área protegida Reserva Genética Apacunca que forma parte del río Villanueva y que se encuentra dentro de la cuenca baja del río Estero Real, drenando hacia el golfo de Fonseca. Esta reserva fue creada en 1996 a través de la Ley General del Medio Ambiente, conocida como Ley 217. La reserva fue instituida para conservar la población del maíz primitivo o teocinte, especie endémica de importancia mundial y única especie de teocinte que crece al nivel del mar. Esta área se ubica entre los municipios de Somotillo y Villanueva.
En la reserva se encuentra una casa base, alojamiento, servicio de alimentación y existe una cooperativa de guías.
Apacunca es un banco y fuente de variabilidad genética del maíz silvestre nicaragüense, algunos estudios realizados en el área protegida indican que existen siete poblaciones de teocinte (maíz) diferenciados entre sí por pequeñas variaciones de carácter morfológicos.
Este maravilloso sitio te permitirá realizar caminatas hacia el lugar donde están los humedales y observar aves migratorias que llegan al lugar, está ubicado de la entrada de la casa base 200 metros al este.
Árbol de genízaro.
En el cerro Guansapo, hay aguas termales, este cerro está ubicado al este del municipio entre las comunidades de El Tule y Los Tololos, un lugar rodeado de una naturaleza sin igual, apreciá árboles de madera preciosa, aves y las fuentes termales que están a sus orillas, las cuales son muy buenas para la salud; recorré el bosque y conocé el mirador natural.
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