El municipio Santa Rosa del Peñón se destaca en la región norte por la riqueza mineral que posee.
Los accidentes geográficos del municipio están constituidos por las montañas de El Ocotal, El Jicote, El Picacho, Azacualpa, Quebrachal, El Confite y El Ocotillo.
Las áreas atractivas para la observación de los elementos naturales lo componen las montañas del municipio, que aunque no tengan muchos bosques conservados, son excelentes miradores de la planicie del Pacífico y de las serranías del centro del país.
La red hidrográfica la constituyen los ríos Sinecapa, Huacalpizque y El Quebrachal, además las quebradas de Mina La India, Las Cañas, Coyol y Ocotillo. El río Sinecapa atraviesa el municipio y es el más caudaloso.El sistema pecuario, pastos y arbustales está compuesto por los sitios destinados a la crianza del ganado. El terreno es un área generalmente deforestada que es utilizada para potreros, para la permanencia de pasto nativo o mejorado.
El bosque seco intervenido está restringido a algunos sitios de las sierras y sitios en donde el productor se ha incentivado a dejar tierras en descanso. Mientras tanto el sistema agroforestal, está formado por árboles frutales de cítricos, mangos, aguacate y papayas, que son los que más se utilizan.
Se pueden observar el tigüilote, guácimo de terneo, guácimo de molenillo, cornizuelo, jocote, espino blanco, roble macuelizo, sardinillo, helequeme, madero negro, neem y eucalipto.En cuanto a fauna silvestre, por las condiciones de la cobertura vegetal, las especies son generalistas, entre ellas se pueden mencionar: garrobos, conejos, tinajas, cascabeles, ardillas, zorros cola pelada, zorrillos, cusucos, pizotes, querques, zopilotes, pijules, güises, chocoyos, zanates, urracas, zenzontles y guardabarrancos.
El municipio está asentado sobre yacimientos de oro, cal y yeso. Se realiza la extracción del oro y del yeso, pero el oro se hace a través de minería rústica o güirisería.
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