El municipio fue creado por legislación del 5 de noviembre de 1946.
El puerto localizado en este municipio, lleva el nombre del general Francisco Morazán, presidente de la desaparecida República Federal de Centroamérica.
Antes la localidad tenía el nombre indígena de «Nacascolo», árbol muy común en los tiempos ancestrales y que actualmente se encuentra en peligro de extinción.
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