El municipio de San Juan de Limay tiene una topografía quebrada con suelos un poco áridos, las mayores alturas se encuentran colindantes con el municipio de Estelí, entre las que se encuentran las Mesas del Horno (1352 ms.n.m.) y la Loma El Zapote (1321 ms.n.m.).
Salto del Colocondo
Los atractivos de la zona no dejan de ser numerosos. Desde la comunidad San Luis se puede llegar al mirador del mismo nombre, es un sitio de montañas con clima fresco de nebliselva, en donde múltiples plantas epifitas adornan el paisaje, se observa una vista panorámica espectacular de la cadena volcánica de los Maribios, en este sitio se encuentran petroglifos y una cueva.
Cercano a San Luis se encuentran cultivos de café orgánico, muy amigable con la naturaleza. No se puede dejar pasar la oportunidad de conocer el Salto de Colocondo, una caída de agua de 120 mts. de altura y la Laguna Santa Pancha, ambas rodeadas de frondosos bosques con mucha biodiversidad.
Otros sitios excelentes para la observación de la fauna y flora del lugar son la cueva La Guacamaya y la Reserva La Patasta, que también cuenta con muchos petroglifos. En las partes bajas se puede conocer de la actividad ganadera y disfrutar del paisaje de árboles dispersos en áreas de pastos.
Limay posee el único río de la cuenca del Pacífico, capaz de albergar el camarón verde de estero.
El municipio tiene clima de sabana tropical seco de altura y entre los ecosistemas que encuentran están:
El ecosistema agrícola: está representado por los cultivos de maíz y frijol en su mayoría, luego se localizan los cultivos de sorgo, piña, caña de azúcar, ajonjolí, yuca, quequisque, malanga, tomate, pipián, sandía, ayote, tabaco, chiltoma, cebolla y repollo.
Cultivo de yuca
También cuenta con pastos con árboles y arbustos dispersos, el cual es dedicado a las áreas para la ganadería. Los pastos suelen ser nativos, aunque en algunas fincas se observan pastos mejorados.
ntre las especies de plantas que más se encuentran en este lugar se destacan el cedro real, guácimo de ternero, poro-poro, laurel, cornizuelo, sacuanjoche, guanacaste negro, espadillo, jocote dulce, jocote jobo, mango, guanábana, sardinillo, jícaro sabanero, roble, laurel negro, jiñocuabo, carao, quebracho, nacoscolo, mandagual y destacan los falsos jícaros, guayaba dulce y ácida, guapinol, nance y árboles de iril.
Entre las especies de fauna representativas por su valor económico y por su importancia de conservación, se encuentran: venado cola blanca, sahino, guardatinaja, garrobo, pichete verde, corre caminos, colibrí colipinto, carpintero careto y armadillos, pumas, mono cara blanca y mono araña.
Parte del territorio del municipio está incluido en dos reserva naturales: Cerro Quiabú-Las Brisas, compartida con los municipios de Achuapa, El Sauce y Estelí y la reserva Tepesomoto-La Patasta, compartida con los municipios de Pueblo Nuevo, Las Sabanas y Cusmapa.
Sahinos
Uno de los recursos naturales más usados en el municipio es la piedra marmolina, extraída principalmente de los cerros Platanares y Tipiscayan, de donde los artesanos tallan las famosas gordas y otros motivos esculturales.
Podés subir al Cerro La Cruz, es de fácil acceso y escalándolo podrás observar una variedad de paisajes, flora y fauna, principalmente aves; mientras que desde la cumbre se puede observar el vecino cerro Tipiscayán, uno de los lugares históricos de donde se extrae la marmolina.
Turismo de naturaleza
Cerca del empalme de La Sirena, en el kilómetro 171 de la Carretera Panamericana, se encuentra el Mirador San Luis. Visitá este lugar y disfrutá de un agradable clima rodeado de montañas, que ofrece bellas vistas panorámicas de la zona, como la cadena volcánica de los Maribios. También podés realizar un recorrido a caballo, lleno de historia y aventura hacia los grabados en roca, que representan ritos de algún grupo aborigen de los que poblaron el país antes de la venida de los españoles.
En los alrededores, con 500 metros de altura, encontrarás el cerro La Cruz. Podés realizar un paseo por este lugar, que debe su nombre a una antigua cruz que fue colocada en su cima hace más de 700 años.
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