Los primeros pobladores de Morrito, y en general de todo el departamento de Río San Juan, fueron las tribus indígenas caribes, miskitos y los guatusos, entre otros grupos, antes que se conociera como Desaguadero del Mar Dulce.
Poblado aledaño al muelle.
Existen diferentes hipótesis acerca del nombre del municipio, una de ellas y la más cercana a la realidad es la brindada por la señora Felipa Beroterán, quien narra que Morrito se origina de la tradición de los madereros de inicios del siglo pasado que llegaban a descansar debajo de los árboles de guanacaste, ubicados en pequeñas lomas a los que ellos le llamaban morro o morrito.
En aquellos tiempos el caserío era un hervidero de gente que iba y venía cargando zurrones con pieles de lagarto, de tigres y venados, así como queso, raicilla, hule, caoba, cedro y especies, hacia Granada y el mundo, a través del caudaloso Río San Juan.
Pesca
Con el declive de la actividad maderera y la construcción de la carretera a Chontales, El Rama y San Carlos, Morrito pasó a ser un pueblo anclado en el puerto lacustre, que vivió su época de fulgor cuando las grandes empresas madereras lo utilizaban como puerto para sacar las maderas preciosas que abundaban en los bosques del sureste de Nicaragua.
Actualmente Morrito es un pueblo de pescadores, donde se sigue cultivando la tierra y pescando frente al espejo brillante del lago Cocibolca. El municipio de Morrito, según la Ley de División Política Administrativa publicada en octubre de 1989, pertenece al departamento de Río San Juan.
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