La flora representativa del municipio son el coyol, palanca, cachito, nacascolo, guayacán, brasil, carbón, guanacaste, genízaro, jiñocuabo, madroño, laurel, sauce, gualiqueme, anona, cedro, ceiba, guácimo de ternero y madero negro.
Las especies de fauna representativa son las iguanas, guardatinaja, garrobo, zorro, chocoyo, zopilote, palomas, guardabarranco, urraca, gavilán, zanate, chirica, saltapiñuela, charralero, guises, cenzontle, correcaminos, ardilla y boas.
San Marcos cuenta con un clima de sabana tropical que se caracteriza por ser relativamente fresco. La precipitación varía entre los 1,200 y 1,400 mm.
Los sitios naturales trascendentales son el río de agua dulce, ubicado en la comunidad del Dulce Nombre, y las playas verdes ubicadas al sur y oeste del municipio.
Con relación a los suelos son de muy buena calidad, con una capa vegetal o material orgánico de gran fertilidad que consiste en tierra vegetal de franco arenoso a franco arcilloso, concentrándose en las comunidades de Pacaya y El Dulce Nombre.
Parque Natural: contiguo a las Oficinas de Enacal, fue diseñado con el propósito de que los habitantes y visitantes, tengan un lugar fresco y sano, así como un tiempo de relajación e interacción con la naturaleza.
Uno de los sitios naturales con mayor atractivo para el turismo es la Hacienda San Pedro, una de las más antiguas haciendas cafetaleras del departamento de Carazo, aquí estarás rodeado de un clima envidiable con temperaturas frescas, aún en verano, podés disfrutar de paseos entre los senderos de los árboles y se pueden observar iguanas, ardillas, pájaros de diversas variedades, flores naturales y café.
La hacienda está equipada para recibir visitantes pues cuenta con un hotel, tres restaurantes, dos salas de conferencia, con internet inalámbrico, parqueo privado, anfiteatro y una galería permanente de exposición de vírgenes, de la pintora Vivian Nissen.
El Hotel Hacienda San Pedro se encuentra 350 mts. al norte de la Iglesia Católica de San Marcos, salida a La Concepción, se puede llegar caminando, en vehículo, mototaxis y triciclos que trabajan en el casco urbano. El lugar cuenta con señalización y carretera en buen estado.
Vivero y Jardines San Dionisio: dedicados a la oferta de especies ornamentales, medicinales, frutales, aromáticas y variedades de grama. Una excelente parada en el km 40 ½ carretera Sn Marcos – Las Esquinas donde se sentirán atraídos por la belleza escénicas de sus jardines gracias a su gran variedad de plantas.
La Finca El Quebracho, este lugar tiene un gran potencial turístico, aquí podés hacer ecoturismo, senderismo y observación de paisajes. En el mirador del lugar podes observar el Volcán Mombacho, Laguna de Masaya y el Lago de Nicaragua, este lugar posee un clima agradable por su ubicación y la cercanía con la ciudad.
Esta finca se encuentra ubicada a la altura del kilómetro 43 en la comunidad Concepción de María, un kilómetro al norte, uno al este, se puede llegar caminando, en vehículo o mototaxis que trabajan en el casco urbano, no cuenta con señalización.
Finca Agroecológica El Girasol: Dedicada a la preservación y conservación de especie de flora y fauna del agro sistema del café en la Meseta de Carazo, cuenta con senderismo, educación ambiental para niños, captura de carbono y producción de oxígeno, transferencia de tecnología para pequeño y medianos productores con enfoque agroecológico.