Las serranías de Santo Tomás son las ramificaciones de la extensa cordillera Chontaleña. Ocupan gran parte del territorio municipal, siendo uno de los puntos más altos el cerro de Aragua (700 m.s.n.m). La mayoría de las elevaciones de Santo Tomás conservan importantes áreas boscosas, especialmente en el sector este. Entre los cerros se pueden mencionar Maravillas, Sierrawas, La Oropéndola, Guarumo, Zapotal, Campanas y Tamagás. En sus entornos se puede practicar senderismo y la observación de flora y fauna.
Algunos de los ríos del municipio constituyen sitios importantes para la conservación de la biodiversidad, entre ellos se encuentran Río Quipur, Estero de Matagua, Zapote, Paso de Lajas, El Caracol, Bulúm, Caño Oropéndola y Copelar y el río Mico.
Salto El Chancho
Las especies de flora representativa del municipio son el cedro real, cedro macho, roble, guayabón, madero negro, manchón, guanacaste, ceiba, guabo, coyol, helequeme, laurel, guapinol, chilamate, genízaro, cortés, guácimo, gavilán, ojoche y caoba.
Las especies de fauna más sobresalientes son el venado cola blanca, guardatinaja, saíno, zorro, conejo, mono congo, ardilla, perezoso, cusuco, guanco, palomas, zopilote, zanate, alcaraván, zenzontle, güis y loras.
Turismo de naturaleza
Río Mico
Salto El Chancho. Es una espectacular caída de agua de unos 50 m de altura. Es el inicio de un sistema natural en forma de cañón, cuyas laderas albergan un tupido bosque tropical habitado por una nutrida avifauna. Sus aguas son frías y cristalinas, idóneas para disfrutar de un refrescante chapuzón. Se encuentra localizado en la comunidad El Alto, a unos 7 km al sur del casco urbano.
El Mico es uno de los ríos más importantes del municipio, ya que por su fuerte corriente es muy frecuentado en el verano, principalmente en Semana Santa. Sus profundas pozas son el deleite de los veraneantes y en sus aguas puede practicarse la pesca de mojarras, sabaletes y guapotes.
Muy cerca del río Mico se encuentra el charco Brujo, un área de humedales que alberga una nutrida población de aves acuáticas. Los lugareños cuentan misteriosos relatos acontecidos en este apacible lugar. Se requiere permiso de los propietarios para acceder.
Al este del municipio se encuentran los saltos de La Oropéndola y el río Bulum, ambos lugares impregnados de belleza y tranquilidad natural.
Turismo rural y comunitario
Entornos Salto El Chancho
Conoce la Cooperativa Ríos de Leche, fundada en 1992 con la idea de procesar leche y exportar sus productos a El Salvador. Sus productos son de alta calidad y en su planta procesadora se puede conocer todo el proceso de elaboración de quesillo fundido, queso semi prensado, queso y crema. Se encuentra ubicada a 11 kilómetros de distancia de la ciudad.
La Reserva Silvestre Privada San Martín cuenta con la Poza Azul, una profunda laguna de aguas frías y cristalinas. La ganadería de esta propiedad se combina sosteniblemente con la producción de frutales y plantas ornamentales.
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