Se encuentra ubicada al suroeste de la ciudad de Managua. La laguna de Nejapa ocupa una depresión ovalada de 160 metros de hondo, formada por tres pequeños colapsos al pie del cerro Motastepe. Es muy superficial y está cargada de sedimentos y sales minerales. Su poca profundidad augura un próximo desecamiento. Tiene una extensión de 220 hectáreas.
La laguna de Nejapa se encuentra alineada sobre la falla de Nejapa- Ticomo. Esta se formó por el colapso o subsisdencia a lo largo de la falla. Entre Nejapa y la laguna de Asososca se levanta el cono cinerítico de Motastepe, actualmente es un volcán extinto de cumbre plana.
Las laderas internas de la laguna de Nejapa están formadas por capas superpuestas de antiguos piroclastos que son fácilmente atacables por la erosión, al menos que se protejan dichas laderas con alguna cobertura vegetal. En ciertos lugares, como en el cerro de Motastepe, que es un verdadero pilón de arena, la quema anual de la vegetación expone los suelos a una rápida erosión, sin descartar posibles revenimientos, debido a que su base norte está siendo fuertemente excavada por canteras de arena.
La precipitación pluvial anual promedia entre los 1,000 y 1,200 milímetros cúbicos y se presenta durante la estación lluviosa. La deforestación progresiva en la cuenca sur del lago de Managua ha disminuido la infiltración y provocado el descenso del manto freático en la llanura subyacente, con la consecuente baja del nivel de la laguna. La temperatura media anual alrededor de esta laguna es de unos 27° centígrados. En el fondo es un poco más elevada debido a la protección del viento.
