El municipio presenta diversos ecosistemas, bosques altos densos, bosques bajos densos, pasando por sabanas, pantanos y lagunas intermitentes, siendo el ecosistema de humedales el más representativo en la región.
Lago de Nicaragua
La fauna de la zona presenta gran diversidad de aves siendo las más conocidas las garzas, los patos y el martín pescador; asimismo otras especies como: cuajipal, lagarto negro, tortugas, iguanas, garrobos, camaleones, lagartijas, y serpientes.
En los mamíferos los más representativos son los venados, guardatinajas, cusucos, cerdos de monte, pisotes, monos congo, perezosos, osos hormigueros, nutrias o perro de agua, guatusas, murciélagos; también se encuentran jaguares. Dada la presencia de pantanos, ríos y del Lago Cocibolca, los peces son particularmente exuberantes, encontrando especies como gaspares, guapotes, mojarras, guabinas, róbalos, machacas, roncadores y tilapias.
El uso del suelo está orientado principalmente hacia la actividad agrícola, labores a la cual se dedica la mayor parte de la población, aprovechando una diversificación de cultivos como granos básicos (maíz, arroz, fríjol), y cultivos perennes (cacao, naranja, musáceas), esta actividad agrícola es tan importante que representa el sector primario del municipio. La segunda actividad de importancia en el municipio es la ganadería.
En el municipio el clima predominante es el tropical de selva monzónico, que abarca al municipio en casi toda su totalidad, el clima tropical de selva se encuentra en una muy pequeña proporción.
San Carlos es un municipio bastante húmedo, con una precipitación máxima de 2,400 mm. y una precipitación mínima de 2,000 mm., que se distribuyen en un período de nueve meses que va de mayo a enero y el período de verano es de tres meses.
San Carlos tiene una hidrografía bien dinámica, sus recursos hídricos superficiales son abundantes, particularmente por la presencia del Lago Cocibolca, entre los principales ríos tenemos el Río San Juan, al sur del municipio y por la región norte los afluentes del margen izquierdo de dicho río, entre los que se destacan: Melchora, Medio Queso, Palo de Arco, Pizote, Viejo, Papaturro, Saíno, Zapote, Río Frío y Estero Boca Negra.
Refugio de Vida Silvestre los Guatuzos-Papaturro
El archipiélago de Solentiname con una extensión de 190 km2, consta con 36 islas o islotes que son habitadas por abundante naturaleza silvestre, las principales por su tamaño y número de pobladores son: la isla de San Fernando e isla La Venada, isla Mancarroncito y Mancarrón, esta última es la más grande en extensión territorial y donde se encuentra la Iglesia “Nuestra Señora de Solentiname”, fundada por el padre Ernesto Cardenal. El archipiélago se encuentra ubicado a 25 kms. Al oeste del municipio de San Carlos, propiamente sobre las aguas del lago Cocibolca, podés llegar tomando una lancha que sale desde San Carlos y el recorrido tiene una duración de 45 minutos.
Otra de las islas reconocidas por ser el hábitat y el único lugar del archipiélago donde se encuentran manadas de monos congos, es la isla El Padre o islas Los Monos. Un lugar ideal para hacer avistamiento de aves es la Isla Zapote conocida también como Isla de los Pájaros por la variedad de especies de aves que habitan en ella.
El Refugio de Vida Silvestre los Guatuzos-Papaturro fue declarado el primer humedal de importancia mundial de Nicaragua como sitio RAMSAR, alberga una gran cantidad de especies de flora y fauna, cuenta con un centro ecológico y un albergue comunitario, gracias a su gran biodiversidad silvestre podrás realizar senderos acuáticos y terrestres, donde visitarás un mariposario, un tortuguero y un caimanario. Se encuentra ubicado en la costa sur del lago, sobre la ribera del río Papaturro, a 45 kms. de San Carlos.
Rio Frio: El Rio Frio forma parte del Refugio de Vida Silvestre Los Guatuzos, desde San Carlos se puede hacer tours interpretativos en lancha o kayak, para observar aves, monos, iguanas, tortugas.
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